Parallelizing Forward и Backward-Forward filters on GPGPU in a problem of searching genes homologs by hidden Markov models

Abstract

Анотация к ВКР Н.Д. Тарасенко "Распараллеливание на GPGPU фильтров Forward и Backward-Forward в задаче поиска гомологов генов скрытыми марковскими моделями". Данная выпускная квалификационная работа посвящена реализации эффективной версии алгоритмов Forward и Backward-Forward с применением технологии NVIDIA CUDA. В рамках работы сделан обзор предметной области и существующих решений, разработана модель оптимизации существующей реализации алгоритмов в инструменте HMMer, создан прототипы более эффективных версий Forward и Backward-Forward.

This diploma thesis is devoted to the implementation of an effective version of Forward and Backward-Forward algorithms using NVIDIA CUDA technology. This work the review of the subject area and existing solutions was made, a model for optimizing the existing implementation of algorithms in the HMMer tool was developed, prototypes of more efficient versions of Forward and Backward-Forward were created.