Analysis of BASP1 gene for investigation its role in breast cancer

Abstract

Рак молочной железы занимает первое место среди онкологических заболеваний женщин. Особенностью данного типа рака является относительно высокий процент наследственных случаев заболевания. В половине этих случаев были обнаружены генетические мутации и полиморфизмы, которые обуславливают высокую, среднюю или низкую предрасположенность к заболеванию. Однако в 50% случаев причины начала развития наследственного рака молочной железы до сих пор не установлены, поэтому до сегодняшнего дня активно ведутся поиски генов-кандидатов, нарушения в работе которых могут быть связаны началом онкогенеза. BASP1 может выступать в качестве такого гена-кандидата, т.к. было показано его участие в контроле клеточного цикла, а также обнаружена его роль в качестве ингибитора плюрипотентности и в качестве опухолевого супрессора и косупрессора, в том числе при раке молочной железы. Кроме того, изменение экспрессии гена BASP1 часто наблюдается при развитии разных типов рака. Однако ген BASP1 имеет определённые структурные особенности, которые требуют подбора специальных условий для последующей с ним работы. В данном исследовании был проведен анализ информации о гене BASP1, на основании которой были подобраны праймеры для амплификации функционально-значимых участков гена. Также были подобраны условия для ПЦР-амплификации выбранных участков и исследовано влияние различных условий (температуры, энхансеров, количества ДНК, способов очистки ДНК) на качество секвенирования амплифицированных участков гена BASP1.

Breast cancer ranks first among women with cancer. A feature of this type of cancer is a relatively high percentage of hereditary cases. In half of these cases, genetic mutations and polymorphisms were found that cause high, moderate or low susceptibility to the disease. However, in 50% of cases, the causes of the onset of hereditary breast cancer have not yet been established, therefore the search for candidate genes is being actively pursued, disturbances in the work of which may be associated with oncogenesis. BASP1 can act as such a candidate gene because its participation in cell cycle control has been shown, as well as its role as an inhibitor of pluripotency and as a tumor suppressor and co-suppressor, including in breast cancer. In addition, changes in the expression of the BASP1 gene are often observed with the development of different cancers. However, the BASP1 gene has certain structural features that require the selection of special conditions for subsequent work with it. In this study, an analysis of information about the BASP1 gene was carried out, on the basis of which primers were selected for the amplification of functionally significant regions of the gene. The conditions for PCR of selected sites were also selected and the effect of various conditions (temperature, enhancers, DNA amounts, DNA purification methods) on the sequencing quality of the amplified BASP1 gene was investigated.