Algorithms for the analysis of protein sequences using internal fragment ions

Abstract

В данной работе исследовались MS/MS спектры, снятые с белка CAH2_BOVIN. На протяжении работы предлагается некоторый набор алгоритмов, которые все лучше и лучше решают задачу нахождения и анализа лесенок, состоящих из внутренних фрагментных ионов.

В первой части рассматривается алгоритм, использующий сырые масс-спектры, где пики соответсвуют отношениям масс к зарядам.

Далее данный подход переносится на масс-спектры, обработанные с помощью утилиты MS-Deconv, в которых пики соответствуют массам. Это позволяет улучшить качество аннотации фрагментных ионов.

Затем рассматривается финальный алгоритм, который решает проблемы предыдущих алгоритмов и позволяет с высокой точностью находить лесенки из как терминальных, так и внутренних ионов.

В конце работы анализируется распределение найденных лесенок из ионов и приводится несколько наблюдений о некоторых найденных особенностях.

This work examined MS/MS spectra obtained from the CAH2_BOVIN protein. Throughout the work, a set of algorithms is proposed that increasingly better solve the problem of finding and analyzing ladders made up of internal fragment ions.

The first part discusses an algorithm that uses raw mass spectra, where peaks correspond to mass-to-charge ratios.

Then this approach is transferred to mass spectra processed using the MS-Deconv utility, where peaks correspond to masses. This allows for the improvement of the quality of fragment ion annotation.

Next, the final algorithm is examined, which solves the problems of previous algorithms and allows finding ladders from both terminal and internal ions with high accuracy.

At the end of the work, the distribution of found ion ladders is analyzed, and several observations about some discovered features are presented.