Identification and molecular fingerprinting of phytopathogenic fungi of naturally transgenic plants of the genus Linaria

Abstract

Род Linaria представляют собой редкий пример природно-трансгенных растений, несущих в своем геноме функциональную Т-ДНК. Кроме того, льнянки хорошо распространены в дикой природе и могут служить хорошей моделью для изучения. По причине возможного влияния генов Т-ДНК на взаимодействие растений с микроорганизмами необходимо изучение микроорганизмов ризосферы и филлосферы растений. Одним из важных этапов этого исследования является анализ фитопатогенных грибов, заражающих виды Linaria. К распространенным фитопатогенам льнянок относятся грибы рода Phoma, имеющие сложную морфологию и таксономию. Поэтому для видоидентификации был применен метод ДНК-баркодирования с использованием маркерных последовательностей ITS, LSU, Beta-tubulin. Для дальнейшего исследования внутривидовой изменчивости патогенов были использованы микросателлитные маркеры. В результате были идентифицированны несколько видов фитопатогенных грибов и разработаны микросателлитные праймеры для паспортизации образцов Boeremia exigua.

The genus Linaria is a rare example of naturally transgenic plants carrying functional T-DNA in their genome. Additionally, Linaria is well common in the wild and can serve be a good model for studying. As the T-DNA genes possibly affect the interaction of plants with microorganisms, it is necessary to study the microorganisms of the plants rhizosphere and phyllosphere. One of the important stages of this study is the analysis of phytopathogenic fungi infecting Linaria species. The common phytopathogens of Linaria are fungi of the genus Phoma, having a complex morphology and taxonomy. Therefore, the DNA-barcoding method with the marker sequences ITS, LSU, Beta-tubulin has been used for the species identification. Microsatellite markers were used to further study the intraspecies variability of pathogens. As a result, several species of phytopathogenic fungi have been identified and microsatellite markers for the molecular fingerprinting of Boeremia exigua samples have been developed.