Read error correction for IonTorrent data

Abstract

Существующие быстрые и качественные алгоритмы коррекции ошибок в данных секвенирования генома предназначены для исправления ошибок, свойственных широко применяемой технологии секвенирования Illumina. В данной работе рассматривается задача исправления ошибок для другой распространенной технологии секвенирования IonTorrent. Приведено описание метода коррекции ошибок IonHammer. Разработана модификация данного алгоритма. Проведено сравнение новой версии алгоритма с предыдущей, а также другими методами исправления ошибок. Показано, что новая версия IonHammer превосходит альтернативы по скорости работы при сравнимом или более высоком качестве коррекции.

Most of existing fast and accurate read error correction methods were developed to correct errors in data sequenced by widely-used Illumina technology. In this work we propose a solution of error correction problem in data sequenced by another wide-spread IonTorrent technology. We describe IonHammer error correction algorithm. We developed a new version of IonHammer algorithm. New version of IonHammer was benchmarked against old version and other error correction tools on wide range of datasets. New version of IonHammer is a clear winner in terms of speed and shows comparable or better error correction quality.