Computational methods for identification of small molecules by mass spectra

Abstract

В биоинформатике огромное значение имеет определение различных молекул. Определение это обычно происходит посредством масс-спектрометрии.

На данный момент разработчики дерепликаторов и их пользователи испытывают сложности с определением качества их работы, а также сравнении их друг с другом. В качестве решения этой задачи, на текущий момент, периодически проводятся соревнования, где участниками являются разработчики дерепликаторов. Участники отсылают свои дерепликаторы организаторам, те в свою очередь запускают эти дерепликаторы на некоторых данных, единых для всех участников, а потом анализируют и составляют метрики на их основе.

С целью упростить эту проблемму мной была разработана программа NPD-Quast (Natura Peptide Dereplicator - Quaslity Accessment Tool). Данная программа по факту делает тоже самое, что делали организаторы соревнований, только автоматически и локально, а именно запуск некоторых дерепликаторов на имеющихся данных и составление метрик на поученных данных.

In bioinformatics, the definition of various molecules is of great importance. This is usually determined by mass spectrometry.

At the moment, the developers of dereplicators and their users are having difficulty determining the quality of their work, as well as comparing them with each other. As a solution to this problem, at the moment, competitions are periodically held, where the participants are the developers of dereplicators. Participants send their dereplicators to the organizers, who, in turn, run these dereplicators on some data that is common for all participants, and then analyze and compile metrics based on them.

In order to simplify this problem, I developed the NPD-Quast program (Natura Peptide Dereplicator - Quaslity Accessment Tool). This program, in fact, does the same thing that the organizers of the competition did, only automatically and locally, namely, launching some dereplicators on the available data and compiling metrics on the received data.