Sensitivity improvement of synteny block detection with postprocessing

Abstract

На данный момент существует большое количество инструментов, производящих декомпозицию геномов на непересекающиеся синтенные блоки. Однако, существующие чувствительные и точные методы неприменимы к длинным последовательностям, а потенциально быстрые методы обладают худшей чувствительностью. В данной работе предлагаются методы постобработки синтенных блоков, основанные на кластеризации и призванные увеличить чувствительность быстрых инструментов.

There is a large number of tools for genome decomposition that produce non-overlapping synteny blocks. However, all of the existing sensitive and accurate decomposition methods are not applicable to long sequences; at the same time potentially fast methods are less sensitive. This work offers methods of synteny blocks postprocessing based on clustering that aim to increase sensitivity of the fast tools.