В дипломной работе А.И. Березина проведено исследование разработанных ранее алгоритмов генерации множества минимальных графов смежности в алгебраических байесовских сетях, на основе результатов которого разработаны инкрементальные и декрементальные алгоритмы синтеза подобного множества. Алгоритмы реализованы на языке C#, проведена статистическая оценка сложности указанных алгоритмов. Кроме того, результаты работы алгоритмов визуализированы с использованием сторонней библиотеки GraphSharp. Результаты, полученные в ходе выполнения выпускной работы, являются новыми и актуальными, способствуют развитию теории алгебраических байесовских сетей.
В ходе работы была подготовлены пять публикаций: статья, представленная для международной конференции Intelligent information technologies for industry в Сочи и включенная в базу цитирования SCOPUS; научная работа, опубликованная в рамках 3-ей Всероссийской Поспеловской конференции с международным участием «Гибридные и синергетические интеллектуальные системы»; доклад на всероссийской научной конференции по проблемам информатики СПИСОК, а также два материала для представления на международной конференции по мягким вычислениям и измерениям (SCM-2016). Помимо этого, А.И. Березиным вместе с коллегами была сформирована и подана в РОСПАТЕНТ заявка на получение свидетельства о регистрации программы для ЭВМ.
Вместе с тем у работы имеются некоторые недостатки: упущено указание общей цели совместного проекта, в то время как данная работа является частью общего проекта, что обусловливает часть требований к разработанному программному обеспечению. Кроме того, присутствуют незначительные недочеты, связанные с оформлением, в частности, знаки препинания в списке литературы.
Несмотря на это, выполненная А.И. Березиным  работа показывает, что он способен к методической и продуктивной исследовательской работе. Рекомендую А.И. Березина к поступлению в магистратуру и аспирантуру.
Считаю, что дипломная работа А.И. Березина «Алгебраические байесовские сети: система анализа и синтеза вторичной структуры» заслуживает оценки «отлично».