Отзыв на выпускную квалификационную работу магистра 2 курса  Казачковой Екатерины Сергеевны «Программная реализация сравнения последовательности ДНК с эталонным геномом»  В магистерской диссертации Казачковой Екатерины Сергеевны изучается актуальная проблема биоинформатики, в которой необходима высокая квалификация в таких областях как программирование, биология, теория вероятностей и математическая статистика. Актуальная тема исследования полностью соответствует названию работы и раскрыта в достаточном объеме в двух главах.  Общий объем работы составляет 44 стр. В работе были изучены два биоинформатических инструмента: FastqScreen и Picard Tools. Алгоритм работы программы FastqScreen был переписан с языка Perl на Java и оптимизирован. Кроме того, был сформулирован и построен  новый критерий принятия решения, который ранее другими авторами не рассматривался. Этот критерий основывается на диаграмме размаха и согласно какому-то наперед заданному уровню значимости, определяет, может ли полученный файл fastq быть использован в дальнейшем анализе. Помимо вышесказанного, в данной работе, был улучшен алгоритм работы одного из инструментов Picard Tool (EstimateLibraryComplexity) с помощью метода нечеткого поиска. К сильной стороне работы  следует отнести несомненно высокую квалификацию автора в области информатики. Работа является крайне актуальной и будет использована по месту трудоустройства Казачковой Е.С. в компании, являющейся профессиональной в области  биоинформатики, поэтому практическая значимость работы не вызывает сомнений. Кроме того, некоторые разделы диссертации представляют несомненный интерес с точки зрения внедрения биоинформатики в учебный процесс факультета ПМ-ПУ СПбГУ, поскольку написаны понятным  для студентов  языком «неформальных руководств по …» (биоинформатике).  В то же время, слабой стороной работы является разрозненность отдельных частей, отсутствие понятных для неискушенных в области биоинформатики специалистов целей, задач, выводов диссертации.  Учитывая актуальность и прикладную значимость работы, считаю, что в случае успешной защиты выпускная квалификационная работа Казачковой Е.С. может быть оценена на «отлично».  Научный руководитель, кандидат физ.-мат. наук, доцент, доцент кафедры МТИСР Громова Е.В.